BISMA results:
Reference sequence (original) : TGGCCTTAGTGGCCAGAGCAGCTGCTGCATACACTTATCACAGGTTTCGGCTTTGTAAATTAATTCATCTGCAAATAGTGCACTGTCTCCAGGTACAAATTCGATGCTGGAGCACTGGTTTCTTAAGGATTTAAGTTTAAAGTCAAAGGCTTCCTGCCCTAGGTGTTACAAATAAGTAGTGTCGTTTTCTTTTTTTGCTCTGAGTTTGTTCATCCAATCGTATCCGAGTATGCAAATAAACTTTAGCCCGTGCAGATAAAAAAGGAACAAATAAAGCCAAGTGC
Reference sequence (converted): TGGTTTTAGTGGTTAGAGTAGTTGTTGTATATATTTATTATAGGTTTCGGTTTTGTAAATTAATTTATTTGTAAATAGTGTATTGTTTTTAGGTATAAATTCGATGTTGGAGTATTGGTTTTTTAAGGATTTAAGTTTAAAGTTAAAGGTTTTTTGTTTTAGGTGTTATAAATAAGTAGTGTCGTTTTTTTTTTTTGTTTTGAGTTTGTTTATTTAATCGTATTCGAGTATGTAAATAAATTTTAGTTCGTGTAGATAAAAAAGGAATAAATAAAGTTAAGTGT
Number CpG in Reference sequence: 6
Parameters used:
Alignment mode: pairwise alignment of reference sequence and experimental sequences
Lower threshold conversion rate: 95%
Lower threshold sequence identity: 90%
Upper threshold of N-sites at cytosine positions: 20%
Upper threshold insertions/deletions: 20%
Final sequence alignment of the sequences included:
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1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 |
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2 4 6 8 0 2 4 6 8 0 2 4 6 8 |
Number |
Sequence_id |
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 |
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Reference |
TGGTTTTAGTGGTTAGAGTAGTTGTTGTATATATTTATTATAGGTTTCGGTTTTGTAAATTAATTTATTTGTAAATAGTGTATTGTTTTTAGGTATAAATTCGATGTTGGAGTATTGGTTTTTTAAGGATTTAAGTTTAAAGTTAAAGGTTTTTTGTTTTAGGTGTTATAAATAAGTAGTGTCGTTTTTTTTTTTTGTTTTGAGTTTGTTTATTTAATCGTATTCGAGTATGTAAATAAATTTTAGTTCGTGTAGATAAAAAAGGAATAAATAAAGTTAAGTGT |
1 | 01KP-Aldh1a11R1selection | TGGTTTTAGTGGTTAGAGTAGTTGTTGTATATATTTATTATAGGTTTTGGTTTTGTAAATTAATTTATTTGTAAATAGTGTACTGTTTTTAGGTATAAATTTGATGTTGGAGTATCGGTTTTTTAAGGATTTAAGTTTAAAGTTAAAGGTTTCTTGTTTTAGGTGTTATAAATAAGTAGTGTTGTTTTTTTTT--TGTTTTGAGTTTGTTTATTTAATTGTATTTGAGTATGTAAATAAATTTTAGTTTGTGTAGATAAAAAAGGAATAAATAAAGTTAAGTGT |
2 | 02KP-Aldh1a11R2selection | TGGTTTTAGTGGTTAGAGTAGTTGTTGTATATATTTATTATAGGTTTTGGTTTTGTAAATTAATTTATTTGTAAATAGTGTATTGTTTTTAGGTATAAATTTGATGTTGGAGTATTGGTTTTTTAAGGATTTAAGTTTAAAGTTAAAGGTTTTTTGTTTTAGGTGTTATAAATAAGTAGTGTTGTTTTTTTTTTT-GTTTTGAGTTTGTTTATTTAATTGTATTTGAGTATGTAAATAAATTTTAGTTTGTGTAGATAAAAAAGGAATAAATAAAGTTAAGTGT |
3 | 10KP-Aldh1a11R10selection | TGGTTTTAGTGGTTAGAGTAGTTGTTGTATATATTTATTATAGGTTTTGGTTTTGTAAATTAATTTATTTGTAAATAGTGTATTGTTTTTAGGTATAAATTTGATGTTGGAGTATTGGTTTTTTAAGGATTTAAGTTTAAAGTTAAAGGTTTTTTGTTTTAGGTGTTATAAATAAGTAGTGTTGTTTTTTTTTTTTGTTTTGAGTTTGTTTATTTAATTGTATTTGAGTATGTAAATAAATTTTAGTTTGTGTAGATAAAAAAGGAATAAATAAAGTTAAGTGT |
Legend:
methylated CpG position
unmethylated CpG position
unconverted cytosine
cytosine at unexpected position